肝脏是药物和毒物代谢和解毒的重要器官，任何具有毒副作用的中药或西药如果长期使用，无论其毒性大小，都有可能造成肝脏损伤。为此特别提醒，在治疗慢性乙肝时要做到合理用药。

慢性乙型肝炎治疗主要包括抗病毒、免疫调节、抗炎和抗氧化、抗纤维化和对症治疗，其中抗病毒治疗是关键。

目前国际上公认的抗乙肝病毒药物主要为干扰素与核苷类似物药。我国已批准普通干扰素α（2a，2b和1b）和聚乙二醇化干扰素α（2a和2b）用于治疗慢性乙型肝炎；目前已应用于临床的抗HBV核苷（酸）类似物药物有5种，我国已上市4种（拉米夫定、阿德福韦、替比夫定、恩替卡韦等）。

免疫调节治疗也是治疗慢性乙型肝炎的手段，具有免疫调节作用的药物如α-胸腺肽、氧化苦参碱等也具有一定的抗乙肝病毒作用。

如果患者肝功能试验异常，如血清转氨酶升高、血清胆红素增加、血清蛋白异常等，提示有肝细胞损伤，可配合选用护肝药物。护肝药物有不同程度的抗炎、抗氧化、保护肝细胞膜及细胞器等作用，临床应用可改善肝功能情况，常用护肝药物有：甘草酸制剂、水飞蓟素制剂、还原性谷光甘肽、多不饱和卵磷脂制剂以及双环醇等。

多个抗肝纤维化中成药方剂在实验和临床研究中显示一定疗效，常用抗肝纤维化药物有复方牛胎肝细胞提取物、复方鳖甲软肝片、扶正化瘀胶囊、安络化纤丸等。