1.组织病理 瘤细胞团位于真皮内与表皮相连。瘤细胞似表皮基底细胞，但细胞核大，卵形或长形，胞浆相对少，细胞境界不清，细胞间无细胞间桥，周边细胞呈栅状排列，境界清楚。瘤细胞的核大小、形态及染色均颇一致，无间变。瘤团周围结缔组织增生，围绕瘤团排列成平行束，其中有许多幼稚成纤维细胞，并可见黏蛋白变性，由于黏蛋白在标本固定与脱水过程中发生收缩，因而瘤团周围出现裂隙，此虽为人工现象，但为本病的典型表现，而有助与其他肿瘤鉴别。

从组织学上基底细胞癌可分两类，即未分化类和分化类。分化性轻度向皮肤附属器即毛发、皮脂腺与大汗腺或小汗腺分化。但无明显界限，因很多未分化类也可在某些区域表现一些分化，而大多数分化类在某些区则缺乏分化。结合临床损害形态，结节溃疡性可示分化或未分化，而色素性、浅表性和纤维上皮瘤性，常示极低分化或未分化。结合临床和组织学分类，所谓结节溃疡性基底细胞癌和痣样基底细胞癌综合征，线状单侧性基底细胞痣和Bazex综合征可示分化或不分化，而另外4种基底细胞癌，即色素性，硬皮病样性、表浅性和纤维上皮瘤性则常示极少分化或末分化。